این مجموعه آموزشی-پژوهشی در سال 1353 هجری شمسی به صورت یک واحد آموزشی غیرانتفاعی به منظور ایجاد دوره­ های آموزش کشاورزی با نام مدرسه عالی مهندسی کشاورزی تاسیس گردید. رشته­ هایی که در بدو تأسیس پذیرای دانشجو گردید، رشته­ های کشاورزی عمومی،جنگل و مرتع و دامپروری بود. در سال 1358 این مرکز آموزش عالی به همراه چند مرکز دیگر زمینه ­ساز ایجاد دانشگاه مازندران به مرکزیت شهر بابلسر گردیدند. پس از ارتقاء امکانات و قابلیت­ های مورد نیاز یک موسسه آموزشی، از اواخر سال 1376 دو دانشکده علوم کشاورزی و منابع طبیعی به طور منفک از هم مجوز تأسیس دریافت نمودند و از سال تحصیلی 79-1378 نیز رسماً فعالیت آموزشی خود را آغاز کردند.

با پیگیری­ های مستمر و تلاش بی­وقفه مدیران و کارشناسان ذیربط در سال 1383 موافقت اصولی تاسیس مجتمع آموزش عالی علوم کشاورزی و منابع طبیعی اخذ گردید و در آغازین ماه­ های سال 1384، چهار دانشکده علوم زراعی، مهندسی زراعی، علوم دامی و شیلات و منابع طبیعی به طور مستقل آغاز بکار نموده که خود سبب تجهیز  و هموار نمودن راه تعالی حوزه ­های متعدد تخصصی در دانش کشاورزی و منابع طبیعی بوده است. در همین راستا و با عنایت به اینکه استان مازندران قطب اقتصادی مهمی در مسیر توسعه و ارتقاء کشاورزی و صنایع مملکت محسوب می­شود، متولیان در امر آموزش و پژوهش تصمیم به راه­ اندازی پژوهشکده ­هایی در سطح مجتمع نمودند که پژوهشکده برنج و مرکبات و پژوهشکده مطالعات اکوسیستم­ های خزری دستاوردهای مبارک پیگیری­ های مجدانه ایشان بوده است.

در پژوهشکده برنج و مرکبات، ساماندهی و اجرای طرح­ های علمی و پژوهشی برای دو محصول عمده زراعی و باغی استان یعنی برنج و خانواده مرکبات به تحقق پیوست که خود منجر به پیشبرد امر نیل به خودکفایی و دستیابی به استانداردهای کیفیت تولید و تأمین نیازهای غذایی استان، کشور و حتی ارائه تصاویر روشنی از دورنمای صادرات محصولات استراتژیک استان در آینده خواهد بود. این پژوهشکده که در بطن این مرکز آموزشی واقع گردیده، علاوه بر دارا بودن ساختار مدیریتی و سازمانی مستقل، دارای چند زیرمجموعه و هسته ­های پژوهشی نظیر به نژادی، ژنتیک و بیوتکنولوژی و مهندسی زراعی می­ باشد.

پژوهشکده اکوسیستم­ های خزری نیز با مطالعه زیرشاخه­ هایی چون شناخت اکوسیستم­ های جنگلی، اکوسیستم­ های آبی، فرآورده­ های اکوسیستم­ ها، اکوسیستم های مرتعی و مسائل زیست­ محیطی، راه توسعه و احیا منابع طبیعی استان را پیگیری می­نماید و با هدایت پایان­نامه ­های کارشناسی ارشد و برگزاری کارگاه­های پژوهشی برای کارشناسان دستگاه­های اجرایی و ارائه همایش­های علمی داخلی و بین­الملی مسیر پویندگی و تعالی علمی را هموار می­ نماید.